臺灣總督府公文類纂為臺灣總督府永久保存、十五年保存公文類纂及少數的五年保存（大正後）、一年保存（昭和17至19年）文書，由中央研究院與國史館臺灣文獻館合作整理並建置數位典藏系統。

中央研究院近代史研究所檔案館典藏含外交部門、經濟部門檔案及個人捐贈資料。其中外交部門檔案包含總理各國事務衙門（1861至1901年）、外務部（1901至1911年）及民國時期外交部檔案；經濟部門包含清末至民國時期及戰後臺灣各經濟部會的相關文件；個人資料橫跨政治、經濟、軍事、學術文化等各界，均為研究近代中國及臺灣歷史發展的重要史料。本計畫除挑選重要的館藏檔案進行數位典藏，建置資料庫及檢索系統，提供讀者網路申請使用外，亦建置計畫網站，提供相關資訊整合平台。

「近代史數位資料庫」是本所致力發展的學術重點之一，本所近年來逐步開發各種高史料價值的文獻建置成「全文」資料庫，以達成近代史料之典藏與檢索的雙重目的。明末以來形成的「經世文編」體，乃中國知識份子表達經世思想的重要文獻，其中包含了大量政治、外交、經濟、社會等多方面史料。本所近年來已先後完成十部清代的經世文編全文資料庫，計有賀長齡《皇朝經世文編》、葛士濬《皇朝經世文續編》、盛康《皇朝經世文續編》、邵之棠《皇朝經世文統編》與陳忠倚、麥仲華、何良棟、甘韓等人所編之經世叢書等。這幾部書成書時間起自道光迄於光緒年間，在記載方面亦各具特色，可說是晚清時期最重要的史料之一。《內閣漢文題本專題檔案：刑科婚姻類》起自乾隆元年至宣統三年，本所建置者為〈題要〉部分，可作為研究清代家庭婚姻問題的重要參考。《晚清西文書目》資料庫則透過廣泛而精確的調查晚清時期的「西學書目」，描繪出「西力東漸」的歷史圖象，對於「西學」在晚清思想文化界的流播樣態，必然有所助益。又，中國近代思想史是本所重要的研究領域之一，故相關研究文獻的電子化亦是本所的重要工作。在1997年，本所即完成本所創辦人郭廷以先生精心編著的《近代中國史事日誌》與《中華民國史事日誌》資料庫建置工作。梁啟超所撰寫的《新民說》是中國近代思想史的一篇重要文獻，本所也已建置成全文資料庫，俾利學者檢索查尋。 《譚延闓日記》資料庫內容為譚延闓先生個人共22年份之日記，譚先生為清末民初重要的政治家，歷經清末自辦鐵路運動、辛亥革命、袁世凱稱帝、國民政府北伐等各項重要事件，其日記可做為民國初年歷史之重要佐証。譚延闓先生亦為清未民初有名的書法家，其日記兼具藝術價值，可供愛好書法人士欣賞臨摹之用。 《蔣公大事長編初稿》則詳細記載了蔣中正先生的各項活動，蔣中正總統在中國近現代史的歷史地位與重要性，眾所周知。綜觀1912年以降中國歷史的發展及演變，蔣先生都是關鍵性人物。掌握蔣先生的言行事蹟，也就貼近了歷史發展的脈動。《王叔銘日記》檔案涵蓋時間從1946至1998年，內容包含剿匪勘亂、政府遷台、中美軍事交流、駐外大使及總統府顧問等時期，詳實紀錄了五十至七十年代臺灣的黨政軍關係、中美外交及軍事將領互動過程。 總計近代史數位資料庫，目前共有八套資料庫，共三千四百多萬字，日後仍將陸續新增各種重要史料，以期構成完備而周密的「近代史料」資料庫，提供學界人士參考運用。